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达氏鲟微卫星开发及其亲子鉴定应用效果评估(肖新平,2018)

    达氏鲟(Acipenser dabryanus Duméril, 1868)是我国长江中上游特有鱼类,受人类活动影响其资源极度衰退,被列为国家一级保护动物(1988),世界自然保护联盟濒危物种红色名录(IUCN 红色名录)极危(CR)物种(2010)。所幸达氏鲟人工保种取得成功,全人工繁殖已经实现,增殖放流成为达氏鲟资源修复的重要手段。然而,在达氏鲟的资源管理和种群保护中,种群的遗传多样性,系谱关系,遗传结构等遗传学方面的研究相对薄弱。由于达氏鲟野生亲鱼数量有限,人工繁殖时尚未进行科学繁育搭配,多年累代养殖后可能出现不同程度的近亲繁殖,从而导致达氏鲟保种群体遗传结构破坏,种质退化。为减少近亲繁殖导致的遗传问题,保护这一濒危物种不至于灭绝,迫切需要利用科学可靠的分子标记对达氏鲟养殖个体进行亲子鉴定,进而有效指导达氏鲟规模化繁育和资源养护。


   本研究以目前我国最大一批达氏鲟人工保种群体(来源于宜宾珍稀水陆生动物研究所和中国水产科学研究院长江水产研究所)为研究对象,应用二代测序技术对达氏鲟基因组进行测序,共获得26136个达氏鲟微卫星序列,从这些序列中选取二、三、四碱基重复次数在10次及以上,五、六碱基重复6次及以上的微卫星序列共180个,用软件Primer Premier 5.0进行引物设计。以30尾人工繁殖个体和12尾野生个体的基因组DNA为模板进行PCR 扩增,经过聚丙烯酰胺凝胶电泳和全自动毛细管电泳进行多次筛选,最终获得11个具有高度多态性并且能稳定遗传的微卫星位点,应用相关的软件进行统计分析后显示:11个微卫星的等位基因数为7-13,平均每个微卫星位点的等位基因数为9.18,期望杂合度(He)为0.67~0.88(平均值为0.82),Shannon~Wiener多样性指数(SW)为1.46~2.22(平均值为1.92),多态性信息含量PIC值为0.72~0.86(平均值为0.79)。